علی مطهری نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی ایران گفته جریان اصول‌ گرایی دوام نخواهد یافت٬ برخورد‌های صورت گرفته با حسینعلی منتظری و نهضت آزادی اشتباه بود و جمهوری اسلامی منتقدان خود را "بیچاره" می‌کند.
مطهری با انتقاد از عملکرد محافظه‌کاران اظهار کرده این جریان "عقل" را تعطیل کرده٬ از حقوق مردم و آزادی‌های اجتماعی غافل است و تنها از حقوق نظام دفاع می‌کند.
علی مطهری در گفت وگو با خبرگزاری آنا، وابسته به دانشگاه آزاد، که دیروز شنبه دوم ماه مه همزمان با سالگرد قتل پدرش منتشر شده، گفته است:"من می‌گويم که اگر نظام کار غلطی هم انجام می‌دهد بايد عذرخواهی و روش را اصلاح کند نه اينکه روی همين روش‌ها پافشاری شود. وقتی يک کار غلطی رويه می‌شود من از آن انتقاد می‌کنم. وقتی از حصر خانگی انتقاد می‌کنم، منظورم دفاع از آقای موسوی و کروبی نيست که بگويم اينها هيچ خطايی نداشته‌اند و بخواهم يک دفاع صددرصدی بکنم. اصلا بحث شخص و اين دو نفر نيست".
وی افزوده این جریان با چنین رویکردی دیگر قابل دوام نخواهد بود و برخورد‌های غلط٬ اشتباه و غیرضروری با منتقدان نظام نباید ادامه یابد.
به گفته مطهری جمهوری اسلامی نیازی به برخورد‌های غلط با منتقدان خود ندارد٬ اما در حال حاضر منتقدان خود را "بیچاره" کرده و استادان منتقد را از دانشگاه‌ها اخراج می‌کند.
این نماینده مجلس گفته رفتاری که نظام با منتقدان خود در دانشگاه‌ها دارد٬ محمدرضا شاه پهلوی با منتقدان دانشگاهی‌اش نداشت.
علی مطهری همچنین تعمیم رفتار‌ها و تصمیم‌های آیت الله روح‌الله خمینی در زمان جنگ  را اشتباه دانسته و گفته نباید چنین اقدامی در زمان حال صورت بگیرد.
این نماینده در اثر برخورد نيروهای تندرو اصولگرا با وی طی سال های اخير چندین بار خبر ساز شده است. در تازه ترين آنها علی مطهری روز 9 ماه مارس سال جاری میلادی برای سخنرانی در دانشگاه شيراز به اين شهر سفر کرد، اما پيش از رسيدن به دانشگاه شيراز در فرودگاه اين شهر مورد "هجوم نيروهای لباس‌شخصی" و ضرب‌ وشتم قرار گرفت و در ‌‌‌‌نهايت بدون انجام سخنرانی اش مجبور به بازگشت به تهران شد.