پس از آنکه حوثی‌ها اخوان المسلمین یمن را از نظر سیاسی به حاشیه رانده و حجمش را کوچک کردند، اکنون دو طرف تحت اشراف روحانیون ایران، برای رسیدن به تفاهم مشترک تلاش خود را آغاز کردند. رابطه ایران با اخوان مسلمین در یمن بسیار استثنایی است زیرا برخلاف روابط هماهنگ و عادی تهران با برخی کشور‌ها، اما در یمن این روابط پیچده و تا حدود زیادی بحرانی است.
اقدام سیاسی حوثی‌ها برای نزدیک کردن اخوان المسلمین به ایران، یک مورد استثنائی در روابط این گروه اسلامگرا با تهران نیست بلکه در واقع بازگشت به مسیر طبیعی گذشته خود است؛ رابطه‌ای که یک طرف آن برنده و طرف دیگر بازنده است. در ان رابطه تنها یک طرف آن ذی نفع است.
رابطه اخوان المسلمین با ایرانی‌ها به دوران پس از پیروزی انقلاب اسلامی در سال ۱۹۷۹ باز نمی‌گردد، بلکه این روابط ۷ دهه پیش زمانی که آیت الله خمینی با «حسن البنا» بنیانگذار این گروه اسلامگرا در قاهره ملاقات کرد، آغاز شد. زمانی که دو طرف به یکی از اهداف مشترک خود که‌‌ همان سرنگونی نظام‌های سلطنتی در دو کشور است، به تفاهم رسیدند. این هدف مشترک ابتدا در مصر وسپس در ایران تحقق یافت. در‌‌ همان زمان بود که اخوان المسلمین مصر گروهی به نام «جماعت دعوت و اصلاح ایران» به عنوان شاخه خود در بخش‌های سنی نشین این کشور تاسیس کرد.
اندیشه اسلام سیاسی دو طرف به همدیگر بسیار نزدیک است به طوری که روش حکومت داری و ساختار سیاسی نظام جمهوری اسلامی با اندیشه و طرح‌های اخوان المسلمین کاملا مطابقت داشت.
تبریک گفتن‌های طرفین هنگام پیروزی‌ها، موضع گیری و پشتیبانی‌های دو طرف از یکدیگر هنگام سختی و بحران از ویژگی این روابط بوده. هنوز پیام رهبر انقلاب اسلامی ایران از ذهن تظاهر کنندگان میدان تحریر بیرون نرفته هنگامی که همه شرکت کنندگان انقلاب ۲۵ ژانویه را به فرزندان «حسن البنا» یا به عبارتی اخوان المسلمین خلاصه کرد.
به رغم همه این روابط گسترده و تاریخی اما تهران مانع گسترش اندیشه اخوانی‌ها در ایران شد و این کشور به عنوان خط قرمزنفوذ اخوان المسلمین باقی ماند. تهران از این گروه به عنوان اهرمی برای فشار بر کشورهای عربی استفاده کرد، اما همزمان رهبران آن‌ها را در تهران اعدام کرد. طی ۳۷ سال گذشته اخوان المسلمین پوششی برای ایران در جهان عرب بود، اما در ازای این خدمت مجانی هیچ بهره‌ای از ایران نبردند، به طوری که بیش از ۱۵ میلیون سنی در ایران از هر گونه امتیاز سیاسی، مذهبی واجتماعی بی‌بهره ماندند و حقوق آن‌ها پایمال شد. بنابرین رابطه ایران با اخوان المسلمین رابطه‌ای ناموزون و نابرابر است و شرایط کنونی یمن نمونه‌ای روشن از وضعیت جهان عرب است. از همین رو ایران اکنون تلاش می‌کند تا از طریق شبه نظامیان حوثی اخوان المسلمین این کشور را تحت کنترل خود درآورد تا این گروه از چارچوب ۷ دهه روابط تهران با گروه مادر مستثنی نباشد.